Als wissenschaftliche Hochschulen besitzen Universitäten das Promotionsrecht, definieren sich durch einen ausgeprägten Wissenschaftsbezug und betrachten Forschung und Lehre als gleichrangige Aufgaben. Sie betreiben verstärkt Grundlagenforschung und ihre Lehrinhalte sind theoretischer angelegt als die der Fachhochschulen. Zur Aufgabe der Universitäten gehört nicht nur die Vorbereitung der Absolventinnen und Absolventen auf die berufliche Praxis außerhalb der Hochschule, sondern auch die Ausbildung von wissenschaftlichem Nachwuchs.
Manche Studienfächer werden sowohl an Universitäten als auch an Fachhochschulen angeboten, andere Fächer können nur an einem der beiden Hochschultypen studiert werden. Die medizinischen Fächer sowie die Geisteswissenschaften sind z. B. eine Domäne der Universitäten.
Seit Einführung der Bachelor- und Masterstudiengänge nähern sich Fachhochschulen und Universitäten in Bezug auf die Ausbildung als solche tendenziell einander an. Dennoch ist es hilfreich, bei der Studienwahl darum zu wissen, was beide Hochschulformen bislang voneinander unterschied und in weiten Teilen auch heute noch unterscheidet.